La reestructuración obedece al nuevo escenario de contención presupuestaria y con ella se da una respuesta adecuada a la política agraria, alimentaria, pesquera y ambiental. Establece como pilares básicos del Departamento la Secretaría de Estado de Medio Ambiente, la Subsecretaría, la Secretaría General de Agricultura y Alimentación y la Secretaría General de Pesca. El Organismo Autónomo Parques Nacionales queda adscrito al ministro.

Con este ajuste se pasa de las 61 subdirecciones generales que integraban la anterior estructura a 52. Asimismo, se reestructuran las Confederaciones Hidrográficas, dotándolas del rango orgánico de subdirecciones generales, lo que supone la desaparición de las cinco direcciones generales actuales.

La reducción de órganos superiores afecta también a los organismos públicos adscritos. Se suprimen dos organismos autónomos: el Fondo de Regulación y Organización del Mercado de los Productos de la Pesca y Cultivos Marinos (FROM) y el  Parque de Maquinaria.

Las funciones del primero se integran en el Fondo Español de Garantía Agraria (FEGA), en la Secretaría General de Agricultura y Alimentación y en la Secretaría General de Pesca. Y el segundo pasa a depender de la Dirección General del Agua.

De igual manera, el nuevo diseño recoge la integración de materias y áreas de las políticas ambientales, agrarias y rurales. Así, con la supresión de la Dirección General de Medio Natural y Política Forestal, se dividen ambas áreas de actividad quedando la protección del Medio Natural incluida en la Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental y Medio Natural. Por su parte, el área de Política Forestal se enmarca en la Dirección General de Desarrollo Rural y Política Forestal.

En esta línea, la Dirección General del Agua pasa a integrarse en la Secretaría de Estado de Medio Ambiente, segregándose la política de regadíos, que queda integrada en la Dirección General de Desarrollo Rural y Política Forestal. 

Secretaria de Estado de Medio Ambiente

La nueva estructura orgánica establece como competencias de esta Secretaría de Estado la formulación de las políticas de calidad ambiental y la prevención de la contaminación y el cambio climático, la evaluación ambiental, el fomento del uso de tecnologías limpias y hábitos de consumo menos contaminantes y más sostenibles.

También le corresponden las políticas del ministerio referentes a la protección del medio natural sin perjuicio de las competencias de la Secretaría General de Agricultura y Alimentación y de la Secretaría General de Pesca en la materia. Igualmente, entre sus competencias destacan la biodiversidad, la conservación y uso sostenible de los recursos naturales, así como la definición de los objetivos y programas derivados de la directiva marco del agua y  la gestión directa del dominio público hidráulico.

Serán igualmente materias de su competencia las políticas sobre protección y conservación del mar y del dominio público marítimo-terrestre, y la participación en la planificación de la política de investigación en materia de biodiversidad de los ecosistemas marinos.

De la Secretaría de Estado dependerán como órganos directivos:

• La Oficina Española de Cambio Climático, con rango de dirección general, que a su vez contará con las subdirecciones generales de Coordinación de Acciones frente al Cambio Climático y la de Comercio de Emisiones y Mecanismos de Flexibilidad.
• La Dirección General de Calidad y Evaluación Ambiental y Medio Natural, que asumirá la parte de competencias relativas a la conservación del Medio Natural y la Biodiversidad de la extinta Dirección general de Medio Natural y Política Forestal, contando para su gestión con las subdirecciones generales de Residuos, de Calidad del Aire y Medio Ambiente Industrial, de Evaluación Ambiental y de Medio Natural.
• La Dirección General de Sostenibilidad de la Costa y el Mar, de la que dependerán las subdirecciones generales de Dominio Público Marítimo-Terrestre y de Protección de la Costa, quedando dependiente de esta Dirección General la División para la Protección del Mar.
• La Dirección General del Agua, que contará para el desarrollo de sus funciones con las subdirecciones generales de Planificación y Uso Sostenible del Agua, de Programación Económica, de Infraestructuras y Tecnología y de Gestión Integrada del Dominio Público Hidráulico.

A través de esta Dirección General quedan también adscritas al Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente la Mancomunidad de los Canales de Taibilla y las Confederaciones Hidrográficas. Los presidentes de las Confederaciones Hidrográficas  del Júcar, Tajo, Guadiana, Duero y Ebro tendrán el rango de Subdirectores Generales

Secretaria General de Agricultura y Alimentación

De esta Secretaría General dependerá el desarrollo y coordinación de relaciones multilaterales en el marco de las políticas agroalimentarias, la investigación e innovación en materia agroalimentaria y de regadíos, el sistema agroalimentario y el desarrollo sostenible del medio rural y del territorio y la política forestal.

Asimismo, le corresponderá la definición y ejecución de las políticas del Ministerio referentes a industrias y mercados alimentarios, recursos agrícolas y ganaderos, sanidad animal y vegetal, acuerdos sanitarios y fitosanitarios con terceros países, ordenación territorial, desarrollo sostenible del medio rural, cuestiones horizontales de la PAC y relaciones bilaterales y multilaterales en materia agroalimentaria.

Entre sus atribuciones se encuentran la determinación de los criterios para establecer la posición española ante la UE y en los Acuerdos de la Unión Europea con terceros países que tengan contenido agrario y alimentario. También, el desarrollo de las acciones dirigidas al fomento de los cultivos agroenergéticos con criterios de sostenibilidad y las relaciones institucionales con las organizaciones profesionales y otras entidades representativas de los sectores agrario y alimentario. Depende de la Secretaria General la presidencia del Consejo interministerial de Organismos Modificados Genéticamente. 

De esta Secretaría General pasan a depender las siguientes Direcciones Generales:

• La Dirección General de Producciones y Mercados Agrarios, que contará con las subdirecciones generales de Frutas y Hortalizas, Aceite de Oliva y Vitivinicultura, cultivos Herbáceos e Industriales, Productos Ganaderos, Medios de Producción Ganaderos, Medios de Producción Agrícolas y Oficina Española de Variedades Vegetales.
• La Dirección General de Sanidad de la Producción Agraria que se segrega modificando su anterior rango de subdirección general y que contará con las subdirecciones generales de Sanidad e Higiene Animal y Trazabilidad, de Acuerdos Sanitarios y Control en Frontera y de Sanidad e Higiene Vegetal y Forestal.
• La Dirección General de Desarrollo Rural y Política Forestal que asume las competencias sobre materia forestal que se gestionaban en la desaparecida Dirección General de Medio Natural y Política Forestal, y las de regadíos que dependían de la Dirección General del Agua. Cuenta con las subdirecciones generales de Programación y Coordinación, de Modernización de Explotaciones, de Fomento del Desarrollo del Medio Rural, de Silvicultura y Montes y de Regadíos y Economía del Agua. Esta Dirección general tutelará también la Sociedad Estatal de Infraestructuras Agrarias (SEIASA).
• La Dirección General de la Industria Alimentaria que se hace cargo de parte de las competencias del FROM en lo relativo a las campañas de promoción de los productos de la pesca y de la acuicultura y en la que se integran las subdirecciones generales de Fomento Industrial e Innovación, de Estructura de la Cadena Alimentaria, de Calidad Diferenciada y Agricultura Ecológica, de Promoción Alimentaria y de Control y Laboratorios Alimentarios.

Queda también adscrito a esta secretaría General el Fondo Español de Garantía Agraria (FEGA), que asume también funciones del FROM.

Subsecretaría de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente

Corresponde a la Subsecretaría  la asistencia al Ministro en las funciones de control de la actividad del departamento, evaluando el funcionamiento del personal y de los servicios del Ministerio, así como el seguimiento de la contratación de obra pública de competencia del Ministerio.

Es también competencia de este departamento la asistencia para la preparación de las conferencias sectoriales, así como las relaciones institucionales con las organizaciones profesionales y otras entidades representativas de interés en los sectores medioambiental, agrario, alimentario y pesquero, sin perjuicio de las competencias de la Secretaría de Estado y de las Secretarías Generales.

Igualmente forma parte de sus cometidos la coordinación y análisis para la implantación de medidas ante situaciones excepcionales en los sectores agroalimentarios que impliquen la necesidad de establecer actuaciones de carácter financiero, laboral o fiscal, la dirección de la Oficina de Adversidades Climáticas y Medioambientales, el seguimiento, análisis y prospectiva de los aspectos sociales, económicos y ambientales vinculados con las distintas áreas estratégicas del departamento, así como la definición de los ejes directrices plurianuales que orientan los estudios del departamento.

 Dependen de la Subsecretaría con nivel de dirección general

•  La Secretaría General Técnica que cuenta a su vez con la Vicesecretaría General Técnica, la subdirección general de legislación y Ordenación Normativa, la de Recursos y Relaciones Jurisdiccionales, la subdirección general de Relaciones Internacionales y Asuntos Comunitarios y la de Estadísticas. También depende de esta Secretaría General la División de Estudios y Publicaciones.
• La Dirección General de Servicios con varias subdirecciones generales como la Oficina Presupuestaria, la Oficialía Mayor, la Subdirección General de recursos Humanos y la de Sistemas Informáticos y Comunicaciones.

También dependen de la Subsecretaría como subdirecciones generales el Gabinete Técnico, la Inspección General de Servicios y la subdirección general de Análisis, Prospectiva y Coordinación. Asimismo están adscritos al Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, a través de la Subsecretaría, la Entidad Estatal de Seguros Agrarios (ENESA) y la Agencia para el Aceite de Oliva (AAO), dependiendo funcionalmente del Subsecretario el Centro Nacional de Educación Ambiental (CENEAM-Valsaín).